本部之次級機關及其業務如下：
一、警政署：全國警察行政事務之規劃及執行；全國警察機關之統一指揮及監督。
二、消防署：全國災害防救、消防行政事務之規劃及執行；全國消防機關之統一指揮及監督。
三、移民署：入出國（境）管理、移民與新住民事務、防制人口販運之規劃及執行。
四、國土管理署：國土規劃、都市計畫、都市更新、住宅、建築管理、都市基礎與下水道工程之規劃、推動、管理及督導。
五、國家公園署：國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理之規劃、推動、管理及督導。