違反第三十一條第二項所定種苗業應具備條件或設備標準，經主管機關限期改善而逾期不改善者，或違反第三十六條第一項禁止銷售之通知者，處五千元以上三萬元以下罰鍰；其情節重大者，得令其停止六個月以下之營業，復業後三個月內仍未改善者，並得報請上級主管機關核准撤銷其登記。
經檢查種苗有病蟲害而無法防治、逾期未防治或禁止銷售而銷售者，得沒入銷燬之。
違反依第三十一條第二項所定種苗業應具備條件或設備標準，經主管機關限期改善而屆期不改善，或違反第三十六條第一項禁止銷售之通知者，處新臺幣一萬五千元以上九萬元以下罰鍰；其情節重大者，得令其停止六個月以下之營業，復業後三個月內仍未改善者，並得報請上級主管機關核准廢止其登記。
經檢查種苗有病蟲害而無法防治、屆期未防治或禁止銷售而銷售者，得沒入銷燬之。