智慧財產及商業法院審判案件，除智慧財產之民事事件第一審程序以法官一人獨任行之外，其餘以三人合議行之。
合議審判，以庭長充審判長；無庭長或庭長有事故時，以庭員中資深者充之，資同以年長者充之。
獨任審判，即以該法官行審判長之職權。
智慧財產及商業法院審判案件，以法官三人合議行之。但有下列情形之一者，以法官一人獨任行之：
一、智慧財產之民事事件第一審程序。
二、犯營業秘密法第十三條之一、第十三條之二、第十三條之三第三項及第十三條之四之罪適用簡式審判、簡易或協商程序之第一審刑事案件。
三、與前款之案件有裁判上一罪或刑事訴訟法第七條所定相牽連關係而起訴或合併起訴之簡式審判、簡易或協商程序。
四、前二款適用簡易程序案件之附帶民事訴訟。
合議審判，以庭長充審判長；無庭長或庭長有事故時，以庭員中資深者充之，資同以年長者充之。
獨任審判，即以該法官行審判長之職權。