本署掌理下列事項：
一、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理政策之規劃、管理及推動。
二、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理區域範圍之選定、劃定、變更及廢止。
三、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理區域之遊憩管理、解說教育、環境景觀風貌、設施維護之審核、督導及推動。
四、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理區域內自然與人文資產之調查、研究、審核、督導及推動。
五、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理區域內資源保育、經營管理之國際交流、合作、宣導之規劃及推動。
六、結合在地社區居民、原住民與國內民間團體參與永續共榮發展之規劃、協調及推動。
七、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理區域提供國內外生物科學（技）研究基地之規劃、協調及推動。
八、國家公園、國家自然公園、濕地與海岸管理區域作為環境倫理、全齡環境教育之規劃及推動。
九、其他有關國家公園、國家自然公園、濕地及海岸管理事項。